Zasadniczą kontrolą przeprowadzaną w ramach systemu kontroli pomocy udzielanej ze środków funduszy unijnych, realizowanych w ramach poszczególnych programów, jest kontrola projektów. Dlatego każdy projekt, aby uzyskać współfinansowanie z funduszy unijnych, musi być poddany kontroli finansowej. W przypadku większych inwestycji wymagane jest także przeprowadzenie audytu wewnętrznego lub audytu zewnętrznego realizowanego projektu. Audyt ma zapewnić o prawidłowości realizowanej inwestycji, wydatków i sprawozdań finansowych.

Podstawowe warunki formalne prowadzenia kontroli finansowej i audytu projektów

Podstawową kontrolą przeprowadzaną w ramach systemu kontroli środków funduszy unijnych jest kontrola finansowa projektów. Zgodnie z ustawą o Narodowym Planie Rozwoju kontrola projektów polega na sprawdzeniu dostarczenia współfinansowanych towarów i usług, tzn. na sprawdzeniu faktycznego wykonania działań przewidzianych w projektach oraz weryfikacji prawdziwości wydatków przedstawionych we wnioskach o płatność. Kontrolę projektów może przeprowadzić instytucja zarządzająca lub instytucja pośrednicząca, ale zasadniczo obowiązek przeprowadzenia kontroli spoczywa na instytucji wdrażającej, tj. instytucji kontraktującej i rozliczającej beneficjenta. Kontrola projektów odbywa się w dwóch etapach: