Czy faktura może zastąpić bilet w zakresie dokumentowania rzeczywiście poniesionych kosztów uzyskania przychodów

Nasz pracownik złożył w styczniu oświadczenie PIT-12, zobowiązując nas tym samym do sporządzenia mu rocznego obliczenia podatku PIT-40. Ponieważ jego miejsce zamieszkania jest położone poza miejscowością, w której znajduje się zakład pracy, potrącaliśmy mu podwyższone miesięczne koszty uzyskania przychodów. Pracownik ten dojeżdżał do pracy pociągiem. Posiada bilety (imienne) miesięczne na wyższą kwotę niż stosowane koszty, jednak jeden miesiąc w roku udokumentował fakturą wystawioną przez PKP (w trakcie tego miesiąca zrezygnował z biletu, który w tej sytuacji jest zatrzymywany przez przewoźnika). Jak ustalić koszty uzyskania przychodów, jeżeli ostatni bilet przypada na przełom 2006/2007 roku? Czy wziąć pod uwagę również koszt wynikający z faktury?