Jak wypłacić wynagrodzenie za część okresu rozliczeniowego?

Pracownik zatrudniony na 3/4 etatu w równoważnym systemie czasu pracy (jednomiesięczny okres rozliczeniowy) odszedł z firmy 4 stycznia br. Od 2 do 4 stycznia br. powinien pracować według następującego grafiku: w poniedziałek 12 godzin, we wtorek 5 godzin i w środę 12 godzin. Jednak we wtorek przepracował dodatkowo 2 godziny. W jego umowie o pracę znajduje się zapis, że każda przepracowana godzina ponad 3/4 etatu będzie wynagradzana jak za pracę w godzinach nadliczbowych. Czy w tej sytuacji pracownik wykonywał pracę w godzinach nadliczbowych i jak należy wypłacić ewentualnie wynagrodzenie za godziny nadliczbowe, jeśli otrzymuje wynagrodzenie zasadnicze w wysokości 800 zł, dodatek funkcyjny 100 zł oraz ekwiwalent za pranie odzieży roboczej 40 zł?